Який поріг для PSI-BLAST?
Так, наприклад, ви можете використовувати PSI-
щоб знайти подібні послідовності в базі даних, створеній на основі запиту ACNUC або після пошуку PATTINPROT. Параметри PSI-BLAST наразі недоступні для користувача. За замовчуванням кількість опису та кількість вирівнювання встановлені на 500. Очікуване порогове значення встановлено на 10,0.
Як правило, цей поріг є меншим значенням, ніж максимальний рівень очікування за замовчуванням 0,005. Можна обійти початковий крок blastp, надавши PSSM, збережений під час попереднього пошуку, або вказавши набір вирівняних послідовностей, які потім використовуються для створення початкового PSSM.
NCBI BLASTP використовує a стандартний поріг 10 для синонімів, але це може налаштувати користувач. Використовуючи цей пошуковий набір, BLAST швидко сканує базу даних і ідентифікує білкові послідовності, які містять два або більше слів/синонімів із пошукового набору.
Очікуваний поріг і максимальна цільова послідовність Під час виконання пошуку BLAST ви, ймовірно, захочете побачити всі значущі збіги. Іншими словами, ви хочете переконатися, що ви досягли очікуваного значення відсікання, встановленого для пошуку. Порогове значення за замовчуванням (поріг очікування) встановлено на 0,05 для пошуку білків і нуклеотидів.
Цей PSSM використовується для подальшого пошуку в базі даних нових збігів і оновлюється для наступних ітерацій із цими щойно виявленими послідовностями. Таким чином, PSI-BLAST забезпечує засоби виявлення віддалених зв'язків між білками.
Область з високим рівнем безробіття може кваліфікуватися як TEA. Щоб кваліфікуватись як TEA на основі високого рівня безробіття, рівень безробіття в регіоні повинен становити не менше 150% від середнього по країні.
Що таке гранична сума? Пороговою сумою є максимальна сума в доларах для транзакції в точці продажу. Якщо транзакція перевищує визначену вами суму, трансакцію відхиляють.