Які етапи моделювання гомології?
Загалом процес моделювання гомології включає чотири етапи: ідентифікація цілі,
, моделювання та вдосконалення моделей (Майєр і Содінг, 2015).
Етап 1: Глобальна оптимізація функції потенціал-енергія в спрощеному представленні поліпептидного ланцюга. Це ключовий етап алгоритму. Етап 2: Перетворення структур з найнижчими енергіями до представлення всіх атомів. Етап 3: обмежена енергетична оптимізація всеатомних структур.
Моделювання гомології, також відоме як порівняльне моделювання білка, відноситься до побудова моделі атомної роздільної здатності «цільового» білка з його амінокислотної послідовності та експериментальної тривимірної структури спорідненого гомологічного білка («шаблон»).
Зазвичай існує два загальні підходи, моделювання на основі шаблонів і моделювання без шаблонів. Моделювання на основі шаблону використовується, коли раніше розв’язана структура доступна як шаблон для моделювання цільової послідовності білка/запиту.
Основне припущення в підході моделювання гомології таке білки з подібною амінокислотною послідовністю матимуть подібні структури.
Процес побудови моделі
- Визначте мету вашої моделі, проблему, яку ви намагаєтеся вирішити, або історію, яку ви намагаєтеся розповісти. …
- Визначте межу моделі. …
- Зобразіть модель. …
- Побудуйте модель. …
- Випробуйте модель. …
- Створіть інтерфейс. …
- Поділіться моделлю.
SEM – це ітеративний процес, який складається з п’яти кроків: специфікація моделі, ідентифікація, оцінка моделі, визначення відповідності та повторна специфікація моделі (Violato and Hecker 2007).