Яка різниця між проточною цитометрією та секвенуванням окремих клітин?

Проточна цитометрія традиційно використовується для вимірювання експресії ідентифікаційних маркерів на поверхні клітини, тоді як секвенування одноклітинної РНК дозволяє оцінити експресію внутрішньоклітинного білка та виявляє гетерогенність клітинних популяцій на основі даних РНК [??].15 листопада, 2023 рік

Наприклад, scRNA-seq зазвичай профілює експресію РНК кількох тисяч генів для кількох тисяч клітин, тоді як CyTOF може профілювати експресію до 120 білків для потенційно в 10-100 разів більшої кількості клітин. Велика кількість клітин дозволяє CyTOF захоплювати рідкісні популяції, які можуть бути пропущені в даних scRNA-seq.

Проточна цитометрія є технологія, яка забезпечує швидкий багатопараметричний аналіз окремих клітин у розчині. Проточні цитометри використовують лазери як джерела світла для отримання як розсіяних, так і флуоресцентних світлових сигналів, які зчитуються такими детекторами, як фотодіоди або фотопомножувачі.

Вчені часто використовують секвенування однієї клітини, щоб виявити генетичні варіанти шляхом аналізу геному, зрозуміти епігенетичні варіації шляхом секвенування метилома або відстежити відмінності експресії генів шляхом дослідження транскриптомів окремих клітин у популяції.

Секвенування однієї клітини є секвенуванням наступного покоління (NGS), який досліджує геноми або транскриптоми окремих клітин, забезпечуючи високороздільну картину варіацій між клітинами.

Якщо одночасно досліджуються різні типи клітин, наприклад клітини крові та тканин, багатоколірна проточна цитометрія є корисним підходом. Конкретні типи клітин позначені флуоресцентним барвником. Потім проточний цитометр сортує клітини за типом і кольором.