Що таке вторинна структура тривимірної моделі білка?
Вторинна структура білка локальна просторова конформація поліпептидного остова за винятком бічних ланцюгів. Двома найпоширенішими вторинними структурними елементами є альфа-спіралі та
, хоча також трапляються бета-повороти та омега-петлі.
Вторинна структура білка відноситься до тривимірна структура локальних сегментів білка. Кожен тип вторинної структури має сегменти, які мають повторюваний конформаційний візерунок, який створюється повторюваним шаблоном значень торсіонних кутів фі та псі.
Вторинна структура відноситься до регулярна, локальна структура білкового остову, стабілізована внутрішньомолекулярними, а іноді і міжмолекулярними водневими зв'язками амідних груп.
Третинна структура білка відноситься до загальне тривимірне розташування його поліпептидного ланцюга в просторі. Він, як правило, стабілізується зовнішніми полярними гідрофільними взаємодіями водню та іонних зв’язків, а також внутрішніми гідрофобними взаємодіями між бічними ланцюгами неполярних амінокислот (рис. 4-7).
Як: переглянути тривимірну структуру білка
- Перейдіть на головну сторінку структури.
- Введіть код PDB у вікно пошуку та натисніть кнопку Перейти.
- Клацніть зображення структури, щоб отримати доступ до сторінки запису.
- Прокрутіть до розділу молекулярної графіки та клацніть піктограму обертання, щоб завантажити інтерактивний перегляд структури на веб-сторінці.
Передбачення структури білка є висновок про тривимірну структуру білка з його амінокислотної послідовності— тобто передбачення його вторинної та третинної структури з первинної структури. Прогнозування структури відрізняється від зворотної задачі проектування білка.